鱼菜共生系统在后期的时候比较难清理和维护，而且没有可移动性，这样会增加管理的难度。大规模的鱼菜共生系统初始投资金额非常大，而在投入资金后短期内又不会马上见到回报。鱼菜共生系统要求操作者具备相关专业知识，需要对动植物学、生物学有一定的了解。鱼菜共生系统开始自循环之后还有系统的不确定性的风险。
一、鱼菜共生为什么不推广
1、鱼菜共生系统在后期的时候比较难清理和维护，因为人们在自制鱼菜共生系统的时候都有自己的想法和理念，从而导致这个系统被制作成各种各样的，而且这个系统没有可移动性，从而增加了管理难度。
2、大规模的鱼菜共生系统初始投资金额巨大，这个不是普通的农民可以负担的，而且在大规模的投入资金之后，并不会在短期内就立刻见到回报。
3、鱼菜共生系统是一个闭环的生产系统，没有害虫和杂草，而且不使用肥料和农药，这个系统运转主要是依赖鱼、微生物、蔬菜三者之间的关系。要想达到这个目标，就要求操作者要对动植物学和生物学有一定的了解，要具备相关专业知识。而这种高要求高于目前我国农民的基本素质的。
4、在鱼菜共生系统开始自循环之后，还有一个非常大的风险就是系统的不确定性。因为整个系统是一个相互影响的整体，所以当其中有任何一个环节出现问题，都会导致整个系统的瘫痪崩溃。
二、鱼菜共生是什么原理
1、鱼菜共生是一种新型的复合耕作体系，它把水产养殖与水耕栽培通过巧妙的生态设计，从而达到科学的协同共生，从而实现养鱼不换水而没有水质忧患，种菜不施肥而可以正常成长的生态共生效应。
2、在鱼菜共生系统中，水产养殖的水会被输送到水培栽培系统，通过细菌把水中的氨氮分解成亚硝酸盐，然后被硝化细菌分解成硝酸盐，硝酸盐可以直接被植物作为营养吸收利用。鱼菜共生系统让动物、植物、微生物三者之间达到一种和谐的生态平衡关系。
3、鱼菜共生系统不存在水污染，因此不需要经常大范围的换水。而且系统本身是一个闭环的生产系统，系统中的水除了蒸发之外，也没有别的耗损情况。
