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菌肥分为生物有机肥，微生物菌剂，复合微生物肥料这三大类。这三大类中又包括了不同的微生物菌，菌种不同作用也不同。例如枯草芽孢杆菌能增加作物抗逆性，也可固氮。菌根真菌能扩大根系的吸收面积，从而可增加原根毛吸收范围外的元素吸收能力等，要合理使用。
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