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引起水稻白化苗的原因有很多，第一是气候比较反常，比如温度偏高或偏低，缺少阳光等。第二就是没有合理的灌溉，它在苗期需要的水量较大，因此要及时补水才行。第三就是种子的问题，使用的种子不纯或是购买种子的渠道不正规，也容易发生白化苗的现象。第四就是缺少微量元素，第五就是药害所引起的。
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