要选择生长结实、无病虫害的柠檬株作为采种母树，采摘柠檬果，放置几天后切开果实，取出种子洗净，立即播种或保存在果实中，春天取出种子播种，可以使用扦插繁殖，压条繁殖和嫁接繁殖。春天多采用切接，腹接一般用于秋季嫁接，芽接分为小芽切接和小芽腹接两种。切断灭菌的茎尖，保持极性接种到愈伤组织的诱导培养基础。
一、柠檬树种子繁殖
选择生长结实、无病虫害的柠檬株作为采种母树，11-12月果实充分成熟时采摘柠檬果，放置几天后切开果实，取出种子洗净，立即播种或保存在果实中，春天取出种子播种，干燥的种子不能长时间隐藏，容易失去发芽力，鲜种子在15-25℃变温条件下，只用7天就可以发芽。
二、柠檬树扦插繁殖
柠檬扦插容易生存，5月下旬修剪的当时的健壮春梢，留下3-4芽剪穗，除了留下顶芽的叶子外，其余的扦插在砂土中，扦插后立即浇水，之后每隔几天浇水一次，扦插后叶子保持青绿不枯萎，一个月后顶芽开始生长，每隔20天追加一次粪水，当时夏梢和秋梢柠檬树的压条繁殖。
三、柠檬压条繁殖
主要采用高压繁殖，5-6月生长旺盛，选择无病虫危害的枝条作为繁殖母枝，在高压部分，切除叶片，用刀环剥离4-6厘米，剥离皮层，但不能伤害木质部分，然后使用长约12厘米、宽约10厘米的塑料薄膜，剥离皮下部的2厘米高压后叶片呈淡绿色，塑料袋长出白嫩的根，逐渐充满周围，说明高压成功，9-10月在塑料袋下部剪枝，轻轻拆除塑料薄膜，注意不要破泥，种在花盆里，浇水，放在阴凉处缓苗，10-15天，慢慢增加光照，就可以长出新叶。
四、柠檬树的组织培养
切断灭菌的茎尖，长5-8毫米，保持极性接种到愈伤组织的诱导培养基础。经过3-4周的培养，外植体开始形成愈伤组织。这个时候就可以把它切下来，然后转到芽诱基上。再过几周的培养，可以形成芽丛，切成根诱导培养。经过3-4周的培育，可以形成带根系的再生株。培养温度为24-26℃，每天光照8-12小时，光照1000-2000勒克斯。
五、柠檬树嫁接繁殖
1、切接：春天多采用切接。树液开始流动时嫁接效果好，四川、重庆地区可在雨水节前后半个月嫁接，广东立春后40天嫁接成活率高。在气温较低的份，嫁接时间可以延迟到5月。切接操作简单，发芽快，生长快，当时可达到发育规格，秋季或次年春季可定植。
2、腹接：腹接一般用于秋季嫁接，雨水节后至11月上旬可进行。腹部连接成活率高，一次没有连接，可以连接2-3次，接穗切割法与切割法相同，离地约10厘米，选择光滑面从上向下纵切，长2厘米左右，切割深度最好伤害或伤害木质部。开口后，立即嵌入接穗，用塑料薄膜条从下往上捆紧密封接口。
3、芽接：芽接分为小芽切接和小芽腹接两种，小芽切接主要在春天进行，小芽腹接主要在秋天进行。芽接速度快，工作效率高，砧木伤口小，容易愈合。削芽时，左手倒拿接穗，右手握刀，刀口平整，从芽的下端1厘米向芽的上端削到芽的上端0.5厘米为止，将芽带到木质部，用刀垂直向下切刀，取下芽。
