对监察机关移送的案件，人民检察院依照《中华人民共和国刑事诉讼法》对被调查人采取强制措施。
人民检察院经审查，认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定。
人民检察院经审查，认为需要补充核实的，应当退回监察机关补充调查，必要时可以自行补充侦查。对于补充调查的案件，应当在一个月内补充调查完毕。补充调查以二次为限。
人民检察院对于有《中华人民共和国刑事诉讼法》规定的不起诉的情形的，经上一级人民检察院批准，依法作出不起诉的决定。监察机关认为不起诉的决定有错误的，可以向上一级人民检察院提请复议。
检察机关依法采取强制措施。对监察机关移送的被调查人，检察机关可以依照刑事诉讼法的规定进行审查，视情况采取拘留、逮捕、监视居住等强制措施。为做好监察机关与检察机关办理职务犯罪案件工作衔接，对监察机关已经采取留置措施的案件，检察机关应当在监察机关移送案件之前对是否采取和采取何种强制措施进行审查，在移送之日作出决定并执行。
检察机关作出起诉决定。对监察机关移送检察机关提起公诉的案件，同时满足以下三个条件的，检察机关应当作出起诉决定：
一是“犯罪事实已经查清”。“犯罪事实”是指犯罪的主要事实，对主要事实已经查清，但因为各种原因，一些个别细节无法查清或没有必要查清，且不影响定罪量刑的，应当视为犯罪事实已经查清。其中，对一人犯有数罪的，如果有一罪已经查清，而其他罪一时难以查清的，也可以就已经查清的罪提起公诉。
二是“证据确实、充分”，即用以证明案件事实的证据真实可靠，取得的证据足以证实调查认定的犯罪事实和情节。刑事诉讼法第五十三条第二款对证据确实、充分的条件作了明确规定，“证据确实、充分，应当符合以下条件：(一)定罪量刑的事实都有证据证明;(二)据以定案的证据均经法定程序查证属实;(三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑”，监察机关可以参考。
三是“依法应当追究刑事责任”。这是指根据刑法的规定，犯罪嫌疑人有刑事责任能力，应当对犯罪嫌疑人判处刑罚，不存在刑事诉讼法第十五条规定不追究刑事责任的情形。
退回补充调查或者自行补充侦查。对监察机关移送的案件，检察机关经审查后认为犯罪事实不清、证据不足，需要补充核实的，应当退回监察机关补充调查，必要时可以自行补充侦查;监察机关进行补充调查的期限是一个月，补充调查最多两次。这是检察机关对监察机关进行监督的重要体现和制度措施。
需要注意的是，“退回补充调查”与“自行补充侦查”是有先后顺序的，考虑到监察机关移送的案件性强、比较敏感，检察机关公诉部门审查后认为需要补充证据的，一般应当先退回监察机关进行补充调查;必要时，才由检察机关自行补充侦查。
一般而言，检察机关认为监察机关移送的案件定罪量刑的基本犯罪事实已经查清，但具有下列情形之一的，可以自行补充侦查：一是证人证言、犯罪嫌疑人供述和辩解、被害人陈述的内容中主要情节一致，个别情节不一致且不影响定罪量刑的。二是书证、物证等证据材料需要补充鉴定的。三是其他由检察机关查证更为便利、更有效率、更有利于查清案件事实的情形。
作出不起诉决定。对监察机关移送的案件，检察机关经审查认为有刑事诉讼法规定的不起诉情形的，经上一级检察机关批准，可以作出不起诉的决定;监察机关认为检察机关作出的不起诉决定有错误的，可以向其上一级检察机关提请复议。这项制度也是检察机关对监察机关进行监督制约的重要制度措施。之所以规定要报经上一级检察机关批准，主要考虑是反案件特殊，一般是委批准立案，作出不起诉决定应当更为慎重，程序上更加严格。“刑事诉讼法规定的不起诉情形”有两类，即法定不起诉和酌定不起诉，可供参考：
一是检察机关应当决定不起诉的情形;二是检察机关可以决定不起诉的情形。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察机关可以作出不起诉的决定。
其中“不需要判处刑罚”是指对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚;“免除刑罚”则是指刑法对自首、立功、未成年人犯罪、中止犯、正当防卫、紧急避险等规定的一种处理措施。
需要注意的是，实践中，检察机关作出不起诉决定前，应当积极主动地与监察机关开展工作层面的沟通，征求移送案件的监察机关或者其上一级监察机关的意见。在《刑事诉讼法》修改前，对已经对被调查人采取留置措施的案件，监察机关可以在进入案件审理阶段后，书面商请检察机关派员提前介入。
