一、著作权侵权中的举证责任有什么?
一般是谁主张谁举证的原则。但一般情况下，原告很难获得被告软件的源程序，即使原告申请了法院调查收集证据，被告也会拒绝提供其软件源程序，此时如果原告能证明双方软件的目标程序相同或实质性相似。
或者虽不相同或者实质性相似，但是被告软件的目标程序中存在原告软件中的特有内容;或者双方软件的运行界面相同的，可以认定原告完成了相应的举证责任，有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。
侵权行为的证据：这是最主要的，司法实践中采用“实质性相似加接触原则”，即要有证据能证明原告软件和被告软件是相同的或构成实质性相似，并且被告接触了或有可能接触了原告的软件，就可以初步认定侵权行为的存在。
(1)原告软件的程序和文档;
(2)被告软件的的程序和文档;
(3)原告软件和被告软件的程序和文档经比对后是相同的或实质性相似的证据，此证据最好申请知识产权司法鉴定机构做司法鉴定，鉴定结论证明力一般大于其他书证、视听资料和证人证言，证明力也较高;
(4)被告接触了原告软件的程序和文档，只要能证明有接触的可能性就可以，比如原告的原软件开发人员跳槽到被告单位工作。
二、怎么处理著作权侵权纠纷?
1、自行协商。如果双方能在侵权行为发生之后和解，则既可以使著作权人迅速有效地实现和维护自己的权益，也可以使侵权人避免声誉的损害。不愿意协商或者协商不成，当事人可以直接向法院提起民事诉讼。
2、调解。指双方当事人在第三人的协助下协商解决纠纷调解人的范围十分广泛，双方可以选择著作权行政管理机关、人民调解委员会、律师等双方信任的机关或者个人来主持调解。
3、仲裁。双方当事人可以根据达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。仲裁往往仅限于合同纠纷，而且提请仲裁必须有书面协议或书面的仲裁条款。当事人之间有效的仲裁协议是排除法院的管辖权的，而且仲裁庭作出的仲裁裁决为终局裁决，裁决作出后，当事人就同一著作权纠纷再申请仲裁或向人民法院起诉，仲裁委员会或者人民法院不会受理。
4、民事诉讼。发生著作权纠纷后，如果双方不愿意协商或者协商不成;不愿意调解协议或是调解后反悔的;而且当事人没有有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的;或是虽经仲裁裁决但人民法院认为仲裁裁决有法定不应执行的情形的，都可以直接向人民法院起诉。
著作权侵权适用举证责任倒置规定，要想解决著作权侵权行为，可以先跟对方协商，就侵权的问题达成一致意见，签署协议;也可以在第三方的协助下进行调解，还可以就侵权问题向仲裁机构申请仲裁，以此来维护自己的合法权益。
