单位不可以扣除女员工怀孕期间请假工资，但是由于职员在怀孕期间请假时，并没有给单位创造劳动价值，故此孕期工资是按照正常工资的一定比例来支付的，所以对于怀孕的女职员来说，并不能看到工资少了就认为被单位扣除了工资。
1、怀孕期间请假单位不得扣除工资，但是员工在怀孕期间未为单位提供劳动，员工请假是按照正常员工请假，单位是不需要为员工支付请假期间的工资的。但是单位不得以此扣除员工以往工资。
2、员工怀孕期间一直请假工资的计算方式是有相关的生产工资计算的，因为在这种状况之下，依然是需要工资的具体的发放，通常情况下应当履行相关的请假的手续，如果说工龄不满两年的话，是按照本人工资60%的比例来进行一个请假工资发放。
员工怀孕期间一直请假工资的计算方式是有相关的生产工资计算的，因为在这种状况之下，依然是需要工资的具体的发放，通常情况下应当履行相关的请假的手续，如果说工龄不满两年的话，是按照本人工资60%的比例来进行一个请假工资发放。现有的劳动法律法规都严格地规定了女职工享有生育产假的权利。除此之外，在上海，对女职工孕期的休假还有更为详细、具体的规定。主要包括：
(1)产前检查：女职工妊娠期间在医疗保健机构约定的劳动时间内进行产前检查(包括妊娠十二周内的初查)应算作劳动时间。
(2)产前假：妊娠七个月以上，应给予每天工间休息一小时。如工作许可，经本人申请，单位批准，可请产前假两个半月。
在实践中，大多数企业都遵守并认同女职工的产假、产前检查假、产前假的相关规定。有部分企业还通过企业规章制度的形式提高了相关待遇。而目前关于孕妇的产前利益保障，有许多企业和员工遇到了一个难题：女职工在怀孕期间，长期休病假，怎么处理?
女职工在怀孕期间休长病假，是有着现实的社会原因的。职工的生育年龄普遍较大，生育风险大;城市的交通在上下班期间是十分拥挤的，人身安全风险时时刻刻存在着;孕期从事的本职工作可能存在不利于胎儿健康发育成长的因素，如计算机辐射等，若从事部分体力劳动也存在风险。
女性职员在怀孕期间请假是合法的，单位不得以没有在工作岗位就职为由就扣除工资，甚至是直接的辞退孕期职员。若是遇到此种现象时，权益受到侵害的主体，都是可以要求单位支付赔偿金的，若是不赔偿就可以书写诉状起诉单位了。
